Esta dependencia del Ministerio del Interior comenzó a crearse en 1967 con un fuerte apoyo logístico y financiero del Programa de Seguridad Pública de la Agencia Internacional para el Desarrollo (AID) del gobierno estadounidense. En sus inicios funcionó en la Avenida 18 de Julio entre Juan Paullier y Alejandro Beisso en dependencias de la antigua comisaría 9ª actualmente demolidas, a pesar de que el despacho de su director y algunas de sus reparticiones se ubicaban en la Jefatura de Policía de Montevideo.
Más adelante algunos departamentos se trasladaron a la nueva sede ubicada en Maldonado y Paraguay que, poco tiempo después, adquirió e incorporó a sus instalaciones el edificio contiguo de la hasta entonces Tintorería Biere. En todos estos lugares hubo un significativo número de detenidos de diversas organizaciones políticas y sindicales que fueron interrogados bajo tortura por lapsos más o menos prolongados. Actualmente la DNII continúa funcionando en el edificio ubicado en Maldonado y Paraguay.